ある朝、コング達のところにクレムリン軍団がやってきて、またしてもバナナを盗まれてしまう。
それに気付いたコング達はやつらを追って浜辺の方へ行くと、やつらはやつらの船(海賊船バットクルール)で出発し出したところだった。
コング達は急いで船に飛び乗り、なんとか乗り込めた。
そしてバナナを返してもらおうとしているうちにやつらの支配する高い塔のような島｢クレムリン天空島｣(以下天空島)が見えてき、
コング達はその近くの巨大植物の島に突き落とされる。
その後、コング達は船を眺めていると船からプロペラが出てきて船が飛び、
空飛ぶ海賊船スカイクルール(以下スカイクルール)となり天空島の上の方へと向かっていく。
コング達もそれを追って巨大植物の島を抜け海を渡り、天空島を登っていく。
ふもとの熱帯地区を抜け、その後も｢研究都市｣や｢芸術世界｣など天空島のバラエティに飛んだ様々なエリアを抜けていき、
山頂まで半分くらいのところでスカイクルールに追い付く。
しかし、スカイクルールにいたクレムリン軍団の大幹部、ストロングクリンター達との死闘の末、またスカイクルールから突き落とされ、
｢おかしランド｣や｢おもちゃの国｣などのあるまるで絵に書いたかのようなメルヘンチックで不思議な世界に迷い込んでしまう。
最初は面白がっていたコング達だが、その世界の周囲には絶壁があり、抜け出すことができない。
もうダメかと思いながらさまよっているとコング達はとても現実的な謎の機械を見つける。
コング達はなんとなくその機械のボタンを押そうとするとその機械は突然動きだし、コング達に襲いかかってきた。
戦いの末、その機械が壊れると突然辺りの様子が変わり現実世界になった。
そう、あの機械はクレムリン軍団が遊び心で作った近くにいる物にメルヘンチックな幻を見せる幻影マシーン｢メルヘンマシーン｣だったのだ。
その後、コング達はあの絶壁に行くと絶壁は川であった。
川を渡り、コング達は引き続きスカイクルールを追って天空島を登っていく。
｢幽霊の墓場｣や｢コンピューターポリス｣などを抜け、頂上近くの極寒の地をも抜けていき、コング達はついに天空島の山頂にたどり着いた。
それでもスカイクルールは上にあがっていく。
コング達も天空のツタを伝ってそれを追いかけていく。
そのうちに雲の上まで来てしまった。
しかし、その雲の上にすごい世界が広がっていた。
ここがクレムリン軍団の真のアジト｢天空王国｣だったのだ。
中央にはやつらの城｢クレム城｣がある。
そこでコング達に気付いたクレムリン軍団は自らコング達をスカイクルールに乗せ、力尽くでコング達を天空王国から地上に突き落とそうとしてきた。
コング達はザコ達をけちらしたのち、最後にマストの上で待っていたストロングクリンターと再び熱い死闘を繰り広げる。
だがまたも敗れ、またしてもスカイクルールから突き落とされる。
幸運にもコング達は天空の木という巨大樹の枝の上に落ち、助かる。
その後、クレム城の建っている浮遊大陸のふもとに溝が現れ、そこが開いて中から滝が流れ出し、そこにスカイクルールが入っていく。
それを見たコング達はクレム城に行こうとするが足場がない…。
数時間が過ぎ、もうダメかと思っていた時、強い風が吹き、天空の木に成っていた命の実が落ちて木の中央の空洞に入っていった。
しばらくすると天空の木の内部から水が吹き出し、クレム城まで続く虹の橋が現れた。
(命の実を天空の木内部の生命の泉に落とすとこのようなことが起こるのだ)
コング達はその虹の橋を渡り、クレム城に行った。
クレム城内部には炎や水など様々なテーマの部屋があり、そのテーマにちなんだ様々な仕掛けがコング達の行く手を阻む。
だが、コング達はそれらの様々な仕掛けやクレムリン軍団を次々とけちらし、ついにクレム城の最上階にたどり着いた。
そうしたらそこにはやつらのボス、マスタークルールが待っており、バナナを返してもらうためマスタークルールとの戦いが始まった。
だがすぐにマスタークルールは倒れ、コング達はあっさりと勝利した。
…と思いきや死んだフリをしていただけだった。
その後、戦いのさなか突如クレム城の外に巨大なロケットが現れた。
マスタークルールはひそかに部下達に造らせたロケット｢スペースクルール｣を呼んでいたのだ。
マスタークルールはバナナを持って窓からスペースクルールに飛び乗り、逃げ出した。
コング達は逃がすまいと無謀にもスペースクルールに飛び込み、なんとかしがみつき、奇跡的に乗り込むことができた。
そしてコング達はスペースクルールの近未来的な部屋々々を抜け操縦室のドアをTNTバレルでぶっ壊し、マスタークルールのところまで行った。
マスタークルールは驚いたのち激怒し、再び戦いが始まった。
戦いは長引き、いつの間にか宇宙まで来ていた。
マスタークルールがあきれだしていたその時、突然ＵＦＯが現れスペースクルールを謎のビームで攻撃し、
その衝撃でスペースクルールが故障して星の惑星の不思議な無人都市｢スターライトシティ｣に墜落してしまった…。
‐ ここから壮大な宇宙の冒険が始まるのであった… ‐
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